Con un'area di 110,53 km² nella parte settentrionale - orientale del Promontorio del Gargano, Vico del Gargano è uno dei comuni de "I Borghi più belli d'Italia"; rientra nell’ambito naturalistico del Parco Nazionale del Gargano.
Con un'escursione altimetrica accentuata (da 0 a 782 m s.l.m.), che va dalle alture submontane della Foresta Umbra alle spiagge di San Menaio e Calenella, il territorio è tipizzato da boschi di faggi (Foresta Umbra) e abeti; lungo la costa sono presenti foreste di pini d'aleppo (Pineta Marzini).
Diffusissimi uliveti secolari e agrumaie mediante spettacolari terrazzamenti sulla costa.
La geologia è carsica con numerose e interessanti grotte anche marine.